Jak wynika ze stanowiska Resortu Pracy z dnia 12 lipca 2019, w części B i C akt osobowych (czyli związanych odpowiednio z zatrudnieniem i jego przebiegiem oraz z ustaniem stosunku pracy), nie powinno przechowywać się dokumentów powstałych na mocy innych przepisów, niż prawo pracy. Do takiego rodzaju dokumentów należy m.in. PIT-2. Duże znaczenie odgrywa w tym przypadku również fakt, że tego typu dokumenty podlegają najczęściej także innemu okresowi przechowywania, niż ten wskazany w Kodeksie pracy, co stanowi dodatkowe uzasadnienie przyjętego przez MRPiPS stanowiska.

W opinii MRPiPS przechowywanie PIT-2 w aktachosobowych jest więc nieuzasadnione. Stanowisko takie wiąże się z dużymi niedogodnościami dla pracodawców, ponieważ pojawia się pytanie, gdzie wobec tego dokumenty takie jak np. oświadczenia podatkowe oraz deklaracje ZUS należy przechowywać. Okazuje się, że właściwym do tego miejscem nie jest również lista płac, a to ze względu na § 6 rozporządzenia MRPiPS z 10 grudnia 2018 r.
w sprawie dokumentacji pracowniczej (Dz.U. poz. 269) i wymieniony w nim zamknięty katalog dokumentów, które można w nich przechowywać.

Dla pracodawcy oznacza to niestety utrudnienie, ale też determinuje konieczność stworzenia do przechowywania dokumentów takich jak PIT-2 osobnego miejsca, innego niż akta osobowe oraz dokumentacja związana z listą płac.